장기보유특별공제(장특공제) 비거주자 폐지 논란 — 소득세법 제95조 완전 분석

“이재명 대통령이 1주택자의 부동산 양도소득세 장기보유특별공제(장특공제) 폐지가 ‘세금 폭탄’이라는 야당 주장에 정면 반박했다. 18일 엑스(X)에 공개한 ‘장특공제 폐지는 집 한 채 가진 실거주 국민에게 세금 폭탄 안기는 것이라구요?’라는 글에서다.”

“재정경제부 관계자는 19일 ‘그동안 이 대통령이 말해 왔듯 비거주 혜택 축소로 이해한다’며 ‘실거주는 관계없다’고 선을 그었다.”

“현행 세법상 1세대 1주택자는 주택을 ‘보유’한 것만으로도 10년이 지나면 40%의 공제를 받는다. 여기에 실제 거주하면 40%를 추가해 80% 공제가 성립된다.”

(출처: 국민일보, 2026. 4. 20., “장특공제 폐지 비거주 1주택자 대상… 실거주는 관계없다”, https://www.kmib.co.kr/article/view.asp?arcid=1776588769)

이처럼 1세대1주택의 장특공제에 대한 논의가 진행되고 있는것으로 보이므로 관련 법령을 완전 분석해보도록 한다.

소득세법 제95조 — 조문 완전 분석

가. 제1항 — 양도소득금액의 산정

양도소득금액 = 양도차익 − 장기보유특별공제액 (소득세법 제95조 제1항)

양도소득금액은 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 합니다. 이는 양도소득세 과세표준 산정의 출발점이 되는 핵심 규정입니다.

나. 제2항 — 장기보유특별공제액의 정의 및 공제율

1) 적용 대상 자산

• 소득세법 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(토지·건물 등)으로서 보유기간 3년 이상인 것 (소득세법 제95조 제2항)
• 소득세법 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권 (조합원으로부터 취득한 것 제외)

2) 적용 제외 자산

다음에 해당하는 자산은 장특공제 대상에서 원천 배제됩니다 (소득세법 제95조 제2항 본문).

• 미등기양도자산 (소득세법 제104조 제3항)
• 다주택 중과 대상 자산 (소득세법 제104조 제7항 각 호)

3) 표1 — 일반 보유기간별 공제율 (본문 원칙)

4) 표2 — 1세대 1주택 특례 공제율 (단서 적용) – 문제되는 핵심 조문

“대통령령으로 정하는 1세대 1주택”에 해당하는 경우, 보유기간별 공제율 + 거주기간별 공제율을 합산하여 최대 80% 까지 공제합니다 (소득세법 제95조 제2항 단서).

핵심: 10년 보유(40%) + 10년 거주(40%) = 최대 80% 공제 (소득세법 제95조 제2항 단서)

다. 제3항 — 고가주택 특례 계산

소득세법 제89조 제1항 제3호에 따라 비과세 대상에서 제외되는 고가주택(양도가액 12억 원 초과) 및 같은 항 제4호 단서에 따라 비과세 대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산합니다 (소득세법 제95조 제3항).

계산 예시 (기사 내용 기준)

• 시세 30억 원 주택, 취득가액 10억 원 가정 → 양도차익 20억 원
• 고가주택 초과분 비율: (30억 − 12억) ÷ 30억 = 60%
• 장특공제 적용 양도차익: 20억 × 60% = 12억 원
• 장특공제 80% 적용 시: 12억 × 80% = 9.6억 원 공제
• 장특공제 40% 적용 시(비거주자 보유분 폐지 후): 12억 × 40% = 4.8억 원 공제

위임 규정 — 소득세법 시행령 제159조의4

가. 조문 내용

소득세법 제95조 제2항 단서의 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택” 이란 다음 요건을 모두 충족하는 것을 말합니다 (소득세법 시행령 제159조의4).

① 양도일 현재 국내에 1주택을 보유할 것 (제155조·제155조의2·제156조의2·제156조의3 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택 포함)

② 보유기간 중 거주기간이 2년 이상일 것

나. 공동상속주택의 거주기간 판단

해당 1주택이 공동상속주택인 경우, 거주기간은 해당 주택에 거주한 공동상속인 중 거주기간이 가장 긴 사람이 거주한 기간으로 판단합니다 (소득세법 시행령 제159조의4 후단).

이번 논란의 핵심

이 대통령이 문제 삼은 것은 표2의 보유기간별 공제(최대 40%) 입니다. 실거주 없이 보유만 한 1세대 1주택자(비거주자 포함)가 10년 이상 보유했다는 이유만으로 40%의 공제를 받는 것이 타당한가의 문제입니다 (소득세법 제95조 제2항 단서).

재경부 관계자의 “실거주는 관계없다”는 발언은 거주기간별 공제(40%)는 유지하되, 보유기간별 공제(40%)를 비거주자에 대해 폐지 또는 축소하겠다는 취지로 해석됩니다.

표2 보유기간별 공제 삭제 시 법령 개정 방향

가. 소득세법 제95조 제2항 표2 개정 (법률 개정 필요)

[현행]

표2: 보유기간별 공제율(최대 40%) + 거주기간별 공제율(최대 40%) = 최대 80%

[개정안 예시]

표2: 보유기간별 공제율(최대 40%) + 거주기간별 공제율(최대 40%) = 최대 40%

즉, 표2에서 보유기간별 공제율 열(列) 자체를 삭제하고, 거주기간별 공제율만 유지하는 방식입니다 (소득세법 제95조 제2항 단서).

나. 소득세법 시행령 제159조의4 개정 (시행령 개정으로 가능)

현행 시행령 제159조의4의 거주기간 2년 이상 요건을 강화하여, 거주기간 요건을 충족하지 못한 경우 보유기간별 공제도 함께 배제하는 방식으로 개정하는 방법도 있습니다 (소득세법 시행령 제159조의4)